分散分析

分散分析

このページは、市原清志先生の「バイオサイエンスの統計学」の問題を、統計ソフト”R”で解説するものです。 詳細については、市原先生のテキスト（ p152 ）を参照ください。

例5-1（市原p152）

データを読み込みます。

##   x1 x2 x3
## 1 13 11  8
## 2 11 10  7
## 3  6  7  5
## 4 NA  7  5
## 5 NA  5  4
## 6 NA NA  3
## 7 NA NA  3

縦型のデータフレームに直します。

##    groupe score
## 1      x1    13
## 2      x1    11
## 3      x1     6
## 4      x2    11
## 5      x2    10
## 6      x2     7
## 7      x2     7
## 8      x2     5
## 9      x3     8
## 10     x3     7
## 11     x3     5
## 12     x3     5
## 13     x3     4
## 14     x3     3
## 15     x3     3

分散分析を行い、箱ヒゲ図でも表示します。

modelANOVA <- lm(data$score ~ data$groupe, data=data)
anova(modelANOVA)

## Analysis of Variance Table
## 
## Response: data$score
##             Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)  
## data$groupe  2     60      30       5 0.02634 *
## Residuals   12     72       6                  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

boxplot(score ~ groupe, data=data)

群間の変動が群内変動よりも大きく、群間に差があると判断できます。